בהתאם להבדל בין כותנה ניטריל לחוט כותנה, ההבדל הבסיסי ביותר ביניהם הוא חומרי החוט השונים. למרות ששניהם חוטים מעורבבים, ויסקוזה אקרילית מעורבב עם סיבים אקריליים וויסקוזה, בעוד שכותנה אקרילית מעורבבת עם סיבים אקריליים וכותנה טהורה. החומרים בהם נעשה שימוש שונים, ולכן איכות החוט שונה. חוט ויסקוזה ניטריל מעורבב עם סיבים אקריליים מוצקים וויסקוזה, בעוד שניתן לערבב חוט כותנה ניטריל עם סיבים אקריליים מוצקים או סיבים אקריליים בתפזורת.
אין קשר טוב או רע בין השניים. ללקוחות שונים יש צרכים שונים, ויעשה שימוש בחוטים שונים. עם זאת, באופן כללי, חוט ויסקוזה ניטריל זול יותר מחוט כותנה ניטריל, וצריכתו רחבה גם מזו של חוט כותנה ניטריל.
